El Guasón
Tras la inauguración de Arkham City, el Guasón se hizo con el control de la Fundidora Sionis y de a poco fue ganando poder hasta llegar al punto de disputarse la ciudad contra el Pingüino y Dos Caras. Para llegada de Batman a Arkham City, el payaso también había logrado apoderarse de la catedral de la ciudad, donde funcionaba el edificio medico, y secuestrar a todos los médicos de la ciudad para hacerse poseedor de todos los medicamentos y drogas para él, con Harley liderando esa operación por él ya que, según una de las doctoras secuestradas, el payaso estaba sumamente enfermo.
Para arruinar los planes de Dos Caras, el Guasón intenta matar por sí mismo con un rifle francotirador a Gatúbela para así también atraer a Batman hacia una muy elaborada persecución. El payaso también comienza a enviar a sus hombres en busca del Sr. Frío, quien estaba trabajando para él, pero desapareció; además, aprovechando que Dos Caras fue capturado por Batman y Gatúbela, también intenta hacerse con el control de su territorio. En busca de pistas sobre el misterioso Protocolo 10 que Hugo Strange le mencionó, Batman llega directamente hasta la oficina del Guasón en la fundidora Sionis, pero llega tarde ya que encuentra a Harley llorando sobre el cadáver de su amado. Pero sin darse cuenta, otro Guasón ataca a Batman por la espalda y le administra un gas mientras Harley lo deja inconsciente al golpearlo en la cabeza con un bate de béisbol. Luego de despertar, Batman descubre que el payaso en realidad estaba enfermo por culpa del veneno TITAN y, sabiendo que le queda poco tiempo, le ordena ir en busca del Sr. Frío ya que Victor es el único capaz de desarrollar una cura. Para motivar al héroe, el payaso le hizo una transfusión con sus propia sangre, envenenándolo a él y también a cientos de personas que recibieron parte de la sangre que había estado enviando a los hospitales.
Manteniendo contacto constantes a través de llamadas, el payaso termina informándole que el Pingüino fue quien secuestró a Victor, por lo que Batman se dirige al Salón Iceberg para rescatar a Frío. Tras la caída de Cobblepot a manos del Caballero de la Noche, el Guasón vuelve a enviar a sus hombre para acabar con los resto de su imperio y así logra hacerse con el control absoluto de Arkham City. Por su parte, la operación del payaso es provista de armas gracias a Hugo Strange quien quería que esas cosas pasaran para cumplir sus propios planes. Una vez que Frío es salvado puede realizar una cura para ambos, pero el villano guarda una parte de ésta dentro de una caja de seguridad en el viejo departamento de policías, y la otra la destruye, diciendo que sólo puede curar al payaso ya que él tiene secuestrada a su esposa. Mientras Batman y Frío pelean, el Guason envía a Harley a robar la cura restante y dejarle una pequeña pista al detective sobre lo que planea hacer: una carta verdadera con la cara del payaso y otra, similar, pero en forma de fotocopia.
Con la cura en su poder, teniendo el control absoluto de Arkham City, poseyendo un verdadero arsenal y con el Protocolo 10 a pocas horas de ser puesto en marcha, el payaso comienza con su plan de derribar los muros de la prisión y sumir a Ciudad Gótica en el caos. El payaso sabe que está a punto de iniciar el viejo juego del gato y el ratón con Batman ahora que tiene la cura por lo que para distraerlo y darle tiempo a Harley de llegar hasta la fundidora, él llama al equipo de noticias de Ciudad Gótica para informarles que Batman está en Arkham City. Ellos envían a Vicky Vale en un helicóptero para cubrir la noticia pero el payaso ya la estaba esperando y derriba su nave con un lanzacohetes, dejando a la periodista a la merced de un grupo de francotiradores, de los cuales Batman se tiene que ocupar antes de rescatarla.
Pero para su infortunio, Harley es interceptado en su camino por Talia al Ghul, quien también se encontraba en Arkham City para ayudar en los planes de su padre, Ra's al Ghul. Tras eso un vídeo comienza a recorrer toda ciudad mostrando al payaso completamente curado, por lo que Batman se apresura por llegar de vuelta a la fundación para detener sus planes. Al llegar allí, Batman se encuentra con el Guasón parado delante de un espejo totalmente curado, pero su reflejo lo muestra enfermo. Ayudado por sus matones y un guardia mutado con TITAN el payaso enfrenta al detective pero en ese momento se activa el Protocolo 10 y los guardias TYGER de Hugo Strange comienza a bombardear la fundidora, haciendo que el techo del lugar termine cayéndose. El héroe queda atrapado bajo los escombros y el Guasón aprovecha esa oportunidad para matarlo pero es interrumpido por Talia, quien a cambio de que le perdone la vida a su amado, promete llevarlo hasta el pozo de lázaro escondido debajo de Arkham City para darle el regalo de la inmortalidad. El villano acepta y se va con Talia, quien se coloca un rastreador para ser localizada por su amado.
Pero al descubrir que en realidad estaba siendo guiado hacia su ejecución en el teatro Monarch, el Guason se adelanta a Talia y se impone sobre ella tomándola como rehén hasta que Batman llegara a salvarla. Tras detener a Hugo Strage y al Protocolo 10 planeado por Ra's al Ghul, Batman llega al teatro para ver cómo Talia termina matando al payaso con la espada de su padre. Pero Batman tenía la sospecha de que algo raro estaba pasando, que se confirma cuando el verdadero Guasón, sumamente deteriorado por su enfermedad, aparece y mata a Talia. Entonces se revela que el otro Guasón era en realidad Clayface, quien ataca a Batman por orden de su jefe. La batalla de ellos dos termina delante del pozo de lázaro subterráneo cuando el payaso detona el piso del teatro. Batman finalmente recupera la cura que Talia tenía en su poder y fue absorbida por Clayface. Él solo bebe la mitad, dejandole el resto al payaso y a los otros ciudadanos enfermos.
Pero el Guasón vuelve a aparece dispuesto a saltar en el pozo de Lázaro para obtener la inmortalidad, pero Batman, teniendo en su poder la espada de Ra's, la lanza contra el reactor del pozo y lo hace explotar. Entre tanto humo y confusión, el payaso se abalanza contra Batman y lo apuñala en el brazo para robarle la cura; debido a la puñalada, Batman deja caer la cura y el frasco se rompe, extendiéndose y quedando inservible. Para ironía del Guasón, a pesar de todo lo pasado y todos los muertos que dejó tras de sí, Batman lo habría salvado. Con esto en mente, el Guasón comienza a reír hasta que sus fuerzas se acaban y finalmente muere.
Batman finalmente se dispone a abandonar Arkham City cargando el cuerpo de su enemigo entre sus brazos. Al salir del teatro, Harley y sus hombres los contempla horrorizada mientras el héroe se abre camino por las calles de la ciudad. En la entrada de la misma la policía se dispone a ingresar en la ciudad, pero las puertas se abren y sale Batman cargando el cadáver de su enemigo, el cual deposita sobre un coche de policías y se va de la escena, sin responder ninguna de la preguntas que el comisionado Gordon le hace.
Harley Quinn
Debido a los rumores sobre la enfermedad del Guason, Harley Quinn ha asumido el cargo de su imperio dentro de la gigantesca prisión. Allí dentro ella ordeno secuestrar a varios médicos para que estos tratasen de encontrar una cura para la enfermedad que tenia su amado, pero todos ellos fracasaron.
Más tarde, cuando Batman se infiltra en la Fundidora Sionis,lugar donde funcionaba la base de operaciones de los payasos, se encuentra a Harley llorando ante el cuerpo de un Guason sumamente deteriorado por su enfermedad, aparentemente muerto, pero esa escena resulta ser una trampa. Batman acaba siendo envenenado con la sangre del payaso y al igual que su archienemigo, morirá sino halla la cura que el Sr. Frío estaba creando para él; pero por desgracia este habia sido secuestrado por el Pinguino por lo que Batman debe rescatarlo lo más pronto posible.
Una vez que Batman logra rescatar a Frío e ir a por una muestra de la sangre de Ra's al Ghul para finalizar la cura, Victor se niega a entregársela a Batman, ya que el Guason había secuestrado a Nora su rescate dependía de que le fuera entregada la cura. Cuando ambos comienza a enfrentarse, Harley aprovecha la oportunidad y robar la cura para su amado. Pero al llegar a la fundicion en busca del Guason, Batman vuelve a cruzar camino con Harley, pero esta vez ella ha sido maniatada por alguien contra un poste. Mas tarde ella revela que quien la ato fue Talia al Ghul para robarle la cura.
Ella mas tarde vuelve a aparece al final del juego, parada a la salida del teatro Monarch junto con varios de sus matones, contemplando horrorizada como Batman sale del edifico cargando el cuerpo del Guason, sin entender que es lo que sucedió. Al final de los creditos se la puede escuchar cantando "Calla pequeño bebé, no digas ni una palabra, mamá va a matar a todo el maldito mundo por ti" ("Hush little baby don't say word, momma's gonna kill for you the whole damn world"), dejando implicito que ella esta embarazada del Guason.
El Espantapájaros
Aunque el Espantapájaros no aparece físicamente en el juego, hay varias señales que indican que sobrevivió a lo acontecido en la isla. Su mascara puede se encontrada como parte de uno de los desafíos del Acertijo; dentro de un bote cerca de la Fundidora Sionis, se puede localizar un pequeño laboratorio improvisado que al leer unos papales pegados en la pared, uno descubre que pertenecen a Crane. Finalmente varias frecuencia de radio oculta que luego de ser analizadas revela distintos mensajes: "¡Volveré Batman!". "Vas a pagar por lo que me hiciste" y " El miedo destruirá a Ciudad Gótica en pedazos!"
Batman
Un año después de lo ocurrido en Arkham el alcaide Quincy Sharp crea una mega prisión en medio de Ciudad Gótica para sustituir a la destruida Isla Arkham. A Bruce Wayne esto le pareció una mala idea y junto a los periodistas Vicky Vale y Jack Ryder inician una campaña para cerrar Arkham City. Pero en medio de una rueda de prensa un pelotón de guardias TYGER atrapan a Wayne. Al despertarse Bruce se encuentra cara a cara con Dr. Hugo Strange, quien ya sabe que él es Batman y que asegura que una vez que se active el protocolo diez, Batman ya no sera necesario. Tras liberarse de la silla en que estaba atado Bruce es atrapado por un guardia y llevado a la entrada de Arkham City junto con un montón de prisioneros de Arkham y Blackgate que estaban deseando ponerle la mano encima. Al encontrarse con Jack Ryder allí Wayne se dispone a defenderlo, pero aparece el Pingüino quien hace que sus hombre lo noqueen.
Cobblepot lleva a Bruce hasta un callejón en donde planea vengarse por lo que la familia Wayne le hizo a la suya, pero Bruce se libera y acaba con todos ellos para rápidamente subir a la azotea de ACE Chemicals para comunicarse con Alfred. Luego de que el mayordomo le envía una capsula con su traje, Batman le coloca a su secuenciador criptográfico un chip de las comunicaciones TYGER que robo y escucha que Gatubela había sido atrapada por Dos Caras por lo que decide salvarla sabiendo que ella es la única que le puede decir que es lo que esta sucediendo dentro de Arkham City y preguntarle por el Protocolo Diez.
Tras detener a Dos Caras, Batman interroga a Selina para saber si sabe algo de lo que esta planeando Strange pero en ese momento alguien trata de matarlos con un rifle francotirador. Siguiendo la trayectoria de la bala, Batman descubre que el disparo se originó en la Catedral de la ciudad que se ha sido transformada en el Centro Médico de Arkham City. Después de rescatar a los miembros del personal, Batman va a la torre del campanario y descubre que detrás del atentado esta el Guason. Creyendo que el payaso esta involucrado en el protocolo 10, el héroe viaja hasta Fundición Sionis donde se asiente la guarida del Guason. Tras infiltrarse en la base, Batman finalmente se encuentra cara a cara con un Guason, pero este yace muerto en su silla. Pero en realidad esa escena fue una trampa plantada por el payaso, quien se aparece por detrás y lo deja inconsciente. Al despertar Batman descubre que le Guason le ha hecho una transfusión con su propia sangre contaminada envenenando con la misma enfermedad que lo está matando. El villano le cuenta que había contratado al Sr. Frío para que este desarrollara una cura, pero desapareció. Por eso él envía a Batman a encontrarlo, advirtiéndole que también envió varias muestras de su propia sangre a todos los hospitales de la ciudad y que si no se apresura, muchas personas, incluido él, morirán.
Tras encontrar el escondite de Frío, descubre que este fue capturado por el Pinguino. Batman primero desactiva los sistemas del Salón Iceberg para poder ingresar, y una vez allí rescata a varios agentes de policía enviados a infiltrarse en las filas de Cobblepot. Pero el Pingüino no esta dispuesto a dejarse vencer, por eso armado con el equipo de Frío logra imponerse ante Batman. Solo con la ayuda Victor, Batman es capaz de desactivar las armas del Pingüino, pero este aun tiene un ultimo as bajo la manga: Solomon Grundy, a quien usa como su sirviente. Sin embargo Batman logra derrotarlos a ambos. Al hablar con Frío este le revela que nunca pudo terminar la cura ya que esta siempre se descomponía rápidamente. Sabiendo que necesita un particular tipo de ADN para enlazarlo con la cura, Bruce se da cuenta de que el esquema que le enseña Frío coincide con la sangre de Ra's al Ghul por lo que se dispone a encontrarlo en Arkham City.
Afortunadamente, Batman localiza a una miembro de la Liga de Asesinos, a quien persigue hasta que logra implantarle un rastreador. En ese momento otra ninjas también aparecen, pero Batman es auxiliado por Robin. Tras la batalla Batman le entrega una muestra de su sangre para que localicen a los infectados en los hospitales y continua en la búsqueda de la Liga por su cuenta. Finalmente él logra dar con el escondite de la Liga de Asesinos, ubicado cerca de la Torre Maravilla, en ciudad Maravilla.
Luego de ser recibido por Talia al Ghul Batman se prepara para seguir el camino del demonio con tal de encontrar la manera de seguir viviendo. Tras beber la sangre del demonio y cumplir las pruebas impuesta por Ra`s, Bruce esta listo para cumplir con el ultimo reto: matar a Ra`s y ocupar su lugar. Tras esa ofensa, Ra's ingresa al pozo de lázaro para combatir al detective, pero una vez mas cae ante él y Batman logra extraerle parte de su sangre. Dispuesto a obligarlo a que lo mate, Ra's toma como rehén a su hija y amenaza con matarla, pero Batman utiliza un batarang para arruinar su intento. De vuelta a donde esta Frío, Batman le entrega la muestra de sangre, pero una vez que Victor tiene la cura lista se niega a dársela, ya que primero debe recuperar a su esposa, quien fuera secuestrada por el Guason. Tras una breve lucha, Frío acepta darle la cura, pero esta ya había sido robada por Harley Quinn de la caja fuerte donde estaba guardada mientras ellos peleaban. Tras abandonar aquel lugar en busca de Harley Quinn, Batman se cruza con un helicóptero de noticias en donde va Vicki Vale, pero la nave es derribada por el Guason, obligando a Batman a desviarse para rescatarla de un grupo de francotiradores.
Tras llegar nuevamente a la fundición, Batman vuelve a encontrarse con el Guason, quien parece haberse recuperado por completo. Junto a varios matones y otro potenciados con TITAN, el payaso ataca a Batman hasta que el techo cede y el héroe queda atrapado por los escombros. El Guason se prepara para matar a su nemesis, pero es interrumpido por Talia quien aparece y le ofrece la inmortalidad a cambio de perdonarle la vida a Batman. El payaso acepta el trato y parte con ella, pero antes de irse Talia se coloca el mismo rastreador él uso previamente en una de las ninjas de la Liga. Luego de eso vuelve a aparece Gatubela, quien a lo ayuda a liberarse de los escombros. Pero en medio de su búsqueda de Talia , Hugo Strange activa el Protocolo 10 y le ordena a sus tropas TYGER comenzar a destruir sistemáticamente Arkham City. Solo por insistencia de Alfred, Bruce deja de lado la búsqueda para ir a detener al malvado Doctor.
Al infiltrarse en la Torre Maravilla, Bruce se entera de que Arkham City era solo el primer paso de un plan más amplio de Strange para acabar con el crimen el ciudades grandes, y que ya tenia planes de construir otras dos ciudades prision en Keystone City y Metrópolis. Tras detener a Strange, Batman comienza a hackear la red informática junto con Oraculo para detener el ataque a la ciudad. Strange se regodea sobre cómo él ha demostrado ser mejor que Batman en su capacidad para acabar con el crimen, pero en ese momento es atravesado por la espada de Ra's al Ghul, quien era la persona que había financiado todo el plan de Strange. En sus últimos momento de vida, Strange activa el Protocolo 11 y hace explotar la torre. Ra's y Batman logran escapar pero en medio de la caída Ra's trata matarse junto a Batman, pero esto lo deja caer al vació, y finalmente queda empalado sobre los desechos a las inmediaciones de la torre. Tras eso, el Guason se comunica con él y dice que tomado como prisionera a Talia en el Teatro Monarch, por no haber cumplido con su palabra. Después de acabar con los francotiradores que rodeaban al teatro, Batman ingresa para acabar de una vez por todas con el payaso.
De pie en el escenario el Guason se dispone a asesinar a Talia en frente de los ojos de Batman, pero ella se mueve agilmente y termina aparentemente matando al payaso al apuñalarlo con la espada de su padre. Sin embargo, Batman descubre de que el payaso que ella mato era en realidad un doble y trata de advertírselo a Talia, pero ella termina siendo asesinada por el verdadero Guason. El falso payaso se alza y se revela que en realidad era Clayface, quien ataca rápidamente Batman. Una vez que Karlo es derrotado, Batman obtiene la cura y el Guason viene desesperado a por ella y lo apuñala en el brazo, haciendo que se le caiga la cura y se pierda al quedar hecha pedazos. El Guason intenta frenéticamente ingerir la cura pero falla. Cerca del final Batman le revela que a pesar de todo lo pasado, él le hubiera entregado la cura. Con una ultima sonrisa en la cara, el Guason muere.
Finalmente Batman carga en sus brazos el cadáver del Guason, dejando atrás a Harley Quinn y sus secuaces horrorizados, mientras Gatubela lo observando desde cierta distancia. Tras abandonar Arkham City, Batman coloca el cuerpo del payaso sobre un coche de policía, y hace caso omiso a las preguntas del Comisionado Gordon mientras se marcha nuevamente hacia Ciudad Gótica.
Azrael
Azrael es el protagonista de la misión secundaria "Vigilante al Acecho".
Batman logró encontrar a Azrael varias veces por toda Akham City observándolo. Cada vez que se le acercó, Azrael le dijo que aun no era tiempo de hablar y desaparecía ante sus ojos tras tallar unos símbolos en el suelo. Tras escanear los distintos símbolos dejados por el vigilante, Batman logró reconstruir una extraña figura, que al posicionada sobre un mapa le indicó una ubicación especifica en Arkham City.
Al llegar al lugar indicado (el patio trasero de la catedral), Azrael se presentó y le informó al héroe que había sido enviado por la orden San Dumas a observarlo con el fin de determinar si él era el guerrero que una antigua profecía mencionaba. Azrael le reveló que próximamente Ciudad Gótica arderia en llamas y que solo Batman podría salvarla. Batman le dijo que no creia en ese tipo de historia, pero antes de marcharse, Azrael le aseguró que debería comenzar a hacerlo.
Oráculo
Barbara se comunicó pocas veces con Batman durante su estancia en la mega prisión ya que su papel fue ocupado principalmente por Alfred. Cuando Bruce le informó que debía ir tras Ra's al Ghul pero que primero tenía que encontrar a Talia, ella se mostró un poco celosa y lo instó a no confiar en ella. Más tarde, ella se comunicó nuevamente con Bruce para informarle que el famoso "Protocolo 10" de Hugo Strange suponía la "completa destrucción de Arkham City con sus habitantes incluidos". Durante el Protocolo 10 ella volvió a comunicarse con Batman para implorarle junto a Alfred que salve la ciudad antes de ir en busca de Talia, quien había sido secuestrada por el Guasón.
Gatúbela (Catwoman)
Catwoman, al igual que otros villanos, había sido encerrada en Arkham City y todas su pertenencias fueron robadas. Siguiendo el rastro de sus bienes personales ella descubrió que estaban en la caja fuerte de Dos Caras en su vieja oficina de campaña. Ella se infiltró en el lugar y, tras derrotar a los matones del villano, se dispuso a recuperar sus objetos pero fue interceptada por Harvey, quien la noqueó y la llevó hasta los tribunales para darle un juicio en donde él mismo sería juez, jurado y verdugo. Sin embargo, tras la irrupción de Batman en el lugar, fue liberada y cambió lugares con Harvey.
Batman la buscaba para averiguar qué planeaba Hugo Strange con Arkhan City creyendo que ella podría decírselo, pero lamentablemente Selina no tenía idea.
En ese momento ambos fueron atacados por un francotirador que la hubiera matado de no ser por Batman. Una vez que se separaron, Selina descubrió que en realidad su pertenencias estaban en la bóveda de Hugo Strange pero para llegar hasta allí necesitaba la ayuda de Hiedra Venenosa. Pamela, al verla llegar, desató en furia y lanzó a varios hombres controlados por sus feromonas para atraparla. Luego que Selina lograra acabar con los hombres, Hiedra la atrapó con una liana y la acusó de haber sido la causante de la muerte de una planta muy exótica que Pamela tenía en su poder y que Selina había prometido regar en su ausencia.
Al descubrir que el ultimo espécimen de esa planta también estaba en bóveda de Strange, Selina consiguió convencer a Hiedra para que la ayúdese a entrar allí y así recuperar lo que le fue robado a ambas. Hiedra terminó aceptando y utilizó las raíces de sus plantas para cavar un túnel hasta la bóveda. Al lograr robar una tarjeta de seguridad de un guardia TYGER ella finalmente recuperó sus pertenencias, pero momentos después Strange activó el protocolo 10 y dejó enterrado bajo una gran cantidad de escombros a Batman, quien estaba peleando contra el Guasón y sus matones. Tras una difícil decisión moral, ella abandonó sus pertenencias y fue en ayuda del héroe. Al final del juego, ella divisó a Batman cargando el cuerpo del payaso.
Tras eso ella continuó en la ciudad, pero al llegar a su departamento este voló por los aires, dejándola inconsciente. Al despertar ella se encontró rodeada por varios matones, a los que venció con facilidad e interrogo. De esa manera ella averiguó que todo su dinero había sido robado por Dos Caras, quien se oculta dentro del museo. Al llegar a aquel edifico, y luego de derrotar a Harvey, ella fue informada por el villano que solo tenía en su poder la mitad de la fortuna de Selina ya que la otra se la había regalado a sus hombres. Eso la obligó a ir por toda la ciudad cazando a los matones para recuperar su dinero.
Robin
Siguiendo el rastro de una asesina para localizar a Ra's al Ghul, Batman es interceptado por un grupo de miembros de la liga de los asesinos para ser detenido. Pero en ese momento Robin aparece para ayudar a su mentor, aunque este le termina pidiendo que deje combatir deje que las asesinas se marchen.
Tras eso Robin le entrega a Batman el Lanzacabos y a cambio recibe una muestra de la sangre contaminada de Bruce, quien le pide que se la lleve a Oráculo para que la analice. Mas tarde vuelve a comunicarse con Batman para informarle que después de cotejar las muestras con otras similares ingresadas a los hospitales, se logro determinar que hay por lo menos 2000 personas infectadas.
El Pingüino
A la entrada de Akham City, él junto a sus hombres recibe a Bruce Wayne para poder tener una venganza personal por lo que la familia Wayne le hizo a su familia. Pero Bruce se libera de sus ataduras ya acaba don todos los presentes, rompiéndole la mano a Cobblepot en el proceso. Varias horas después, cuando Batman comienza a buscar al Sr. Frío para que le elabore una cura, descubre que Victor ha sido secuestrado por Cobblepot en su museo.
Tras desestabilizar los sistemas de seguridad, Batman ingresa al museo y descubre que el Pinguino y sus hombres han logrado detectar a varios policías infiltrados en sus filas, por lo que se disponen a matarlos si Batman no actúa rápido. Una vez que rescata a Frío y varios de los policías, Batman va en busca de Cobblepot, quien todavía tiene unos cuantos rehenes y se encuentra armado con el arma congelante Victor. Pero gracias a un dispositivo que Batman logra recuperar el traje de Frío, logra acercarse hacia Cobblepot sin que este pueda accionar su arma, y lo golpea para derrotarlo. Pero el pinguino aun tiene un as bajo la manga. Él detona el iceberg gigante ubicado como decoración central de su club y hace que Batman caiga a una cámara interna en donde es atacado por Solomon Grundy. Tras derrotar a Grundy, Batman aprehende a Cobblepot nuevamente y lo encierra como una de las atracciones de su museo, de donde finalmente no puede escapar.
Killer Croc
Croc tiene un breve cameo en el juego. Luego de derrotar a Ra's al Ghul, si Batman arroja un batarang a un interruptor ubicado detrás de una reja en las alcantarillas de Arkham City, Croc aparecerá atravesando la pared. Ambos comienza a hablar y Batman le dice que no tiene intenciones de pelear contra el, al igual que Croc, ya que siente la muerte dentro del detective. Él se marcha diciendo que no hay necesidad de pelear ya que próximamente se alimentara del cadáver del héroe. Croc también es mencionado por Gatubela como una de las posibles opciones de ayuda para abrir la bóveda de Hugo Strange.
Bane
Bane es el villano principal de la misión secundaria "Alianza Frágil". Tras su llegada a Arkham City, él descubrió que aún hay en la ciudad doce contenedores de TITAN. Para evitar que estos caigan en las manos equivocadas termina pidiéndole ayuda a Batman para destruir seis de esos contenedores mientras él localiza y destruye los seis restantes. Una vez que el héroe cumple con su misión regresa a la fabrica de juguetes Krank's, lugar donde estaba Bane, para informarle de lo sucedido. Pero allí debe pelear junto al villano contra varios guardias TYGER (dependiendo de que punto en el juego realice esta misión). Finalmente él revela que envió a Batman a destruir los contenedores de TITAN para así convertirse en el único poseedor de esa fórmula, lo que lo convierten en la persona más poderosa de Arkham City. Pero Batman se las ingenia para capturarlo y destruir sus contenedores de TITAN. Durante las misiones de Catwoman, ella puede visitarlo en la fábrica cuando ya ha sido capturado.
El Acertijo
El Acertijo también se encuentra en Arkham City, y una vez mas trata de probar su intelecto contra Batman. Pero esta vez el heroe debe de interrogar a varios miembros de su banda para localizar los determinados trofeos y acertijos escondido por toda la ciudad. Para incentivar al detective a cumplir con todos su retos, él ha secuestrado a varios médicos en la catedral de la ciudad y sus ubicaciones solo pueden ser determinada mediante una pequeña Caja de Enigma para descifrar otros acertijo.
A medida que Batman logra dar con la ubicacion de los rehenes, cada una de las victimas le entrega una frecuencia para la Caja de Enigma la cual, luego de descifrar una determinada cantidad de acertijos, termina revelándole la ubicación de la siguiente victima. Sin embargo una vez que Batman logra salvar a todos los rehenes, Oráculo descubre que todos los edificios donde estaban la victimas pertenecían a una persona que también posee otro inmueble. Al llegar a ese lugar Batman se encuentra con que el Acertijo aun tiene a varios rehenes, obligados a caminar constantemente guiados por carritos eléctricos, llevando cascos bombas y si son detenidos, las bombas explotan. Usando sus grandes habilidades para el sigilo, Batman se las ingenia para escapar de la vista del acertijo y detenerlo antes de permitirle detonar alguna bomba.
Finalmente a modo de venganza, los rehenes del Acertijo le colocan un casco bomba (ya desactivado, aunque el villano no lo sabe) y lo obligan a caminar guiado por un carrito eléctrico.
Hiedra Venenosa
Buscando irrumpir en la bóveda de Hugo Strange, Gatúbela busca la ayuda de Hiedra. Pero Pamela, quien está muy enojada con Selina, envía a varios matones hipnotizados para atacarla. Una vez que Gatubela se las ingenia para derrotar a todos los presentes, Hiedra utiliza una de sus lianas para apresar a Selina.
Hiedra se queja ante ella por la muerte de unas plantas muy raras que Gatúbela se había comprometido a cuidar. Lamentablemente para ella, la única de esas plantas que queda se encuentra dentro bóveda de Strange. Viendo una oportunidad, Gatúbela se ofrece para recuperar la planta si Hiedra la ayuda a crear una ruta subterránea hasta la bóveda. Ella acepta de mala gana, y utiliza sus poderes para crear un túnel subterráneo hasta la bóveda. Una vez que Gatúbela está en el interior de la bóveda, ve la planta de Hiedra, pero la tira al suelo para matarla a modo venganza contra Hiedra por haberla atacado. En ese momento los gritos lejanos de Hiedra se pueden escuchar.
Black Mask
A su llegada a Arkham City Bruce Wayne, tras abandonar una sala de tortura, vio a Black Mask luchando con una silla contra varios guardias TYGER para evitar ser enviado de vuelta a la prisión. Sin embargo uno de los guardias lo derribó de un golpe y el resto comenzó a darle una paliza.
Talia al Ghul
Talia aparece por primera vez en la Ciudad Maravilla para detener a su asesinas en su intento por herir a Batman, quien fue en su búsqueda para unirse a la causa de Ra's. Sumamente feliz, ella empieza a besarlo para su horror descubre que daño que le esta causando la enfermedad, producto del TITAN, a su amado.
Talia decide ayudarlo y lo lleva hasta la primera "prueba del demonio" , y después de resultar exitoso, ella lleva a Bruce para reunirse con Ra's al Ghul . Ra's le ofrece a Batman convertirse en su sucesor y lo unico que tienen que tiene que hacer es matarlo, pero el detective se niega y revela que en realidad fue hasta allí solo por una muestra de la sangre de Ra's. Esa revelación hace que Talia se enoje con Bruce, pero continua insistiendole para que se convierta en el sucesor de su padre para así ambos poder gobernar el mundo.
Después de que Ra's es derrotado, en un intendo desesperado para obligar a Batman a que lo mate, toma como rehén a Talia. Pero Batman la rescata lanzandole un batarang a la cara; luego de ser liberada Talia se marcha furiosa del lugar por haber sido traicionada por los hombres mas importantes de su vida. Tiempo después ella intercepta y le roba el antídoto de la enfermedad ocasionada por el TITAN a Harley Quinn y la ata a una tubería con cinta adhesiva en la boca para que no pueda hablar. Más tarde aparece en la Fundidora Sionis para salvar a Batman de ser asesinado por el Guason y le ofrece al payaso "el don de la inmortalidad " a cambio de personarle la vida al héroe. Antes de irse con el villano, ella se coloca un rastreador para que Batman localizarla mas tarde.
Tras detener el Protocolo 10 de Hugo Strange, reanuda su búsqueda de Talia y descubre que el Guasón la tiene como rehén en el Teatro Monarch. Cuando Batman llega para salvarla, ella termina apuñalando al payaso con la espada de su padre, viendo que esa era la única manera de poner fin a su reinado de terror. Pero cuando Talia le entrega el antídoto a Batman, este descubre que en realidad hubieron dos Guasones todo el tiempo, y al darse vuelta Talia es asesinada por el verdadero Príncipe Payaso del Crimen. Ella se disculpa con Batman por su error antes de morir en sus brazos, dejando caer la cura siendo absorbida por Clayface, quien estuvo suplantando al payaso todo el tiempo.
Ra's Al Ghul
Al ser envenenado por el Guason, Batman necesita la ayuda del Sr. Frío para elaborar una cura, pero este le dice que es difícil ya que la cura necesita un agente sanguíneo capaz de resistir cualquier cosa, e inmediatamente el héroe piensa en Ra's.
Siguiendo el rastro de una de las asesinas de su liga, Batman llega hasta la Ciudad Maravilla, ubicada debajo de Ciudad Gótica. Alli es recibido por Talia a quien le dice que ido hasta allí para convertirse en el sucesor de su padre; pero antes de que eso pase él debe pasar la prueba del demonio. Tras pasar la prueba Ra's se presenta ante Batman y le pide que lo mate para así finalmente convertirse en el nuevo líder de la liga de los asesinos, pero Bruce se niega a hacerlo.
Decepcionado, Ra's se lanza a pelear contra el detective en medio de una alucinación potenciada, pero Batman finalmente lo derrota. Como ultima estrategia él intenta asesinar a su hija para obligar a Batman a que lo mate, pero el héroe usa un batarang a control remoto y logra frustrar su intento. Tras extraerle un poco de su sangre, Bruce se da cuenta de que los siglos usando los pozos de lázaro han afectado peligrosamente la mente de Ra's.
Tiempo despues cuando Batman logra infiltrarse en la torre Maravilla y detiene el protocolo 10 de Hugo Strange, Ra's aparece nuevamente, pero esta vez para matar a Strange, quien según sus palabras lo decepciono. Entonces Batman descubre que la construcción de Arkham city y su objetivo para acabar con todo el mal del mundo fue planeado por Ra's al Ghul. Antes de morir Strange activa el protocolo 11 y hace explotar la torre. Batman y Ra's logran escapar en el ultimo momento, pero en medio de la caída el villano trata de matar a Batman apuñalándose a si mismo con su espada, pero Batman lo deja caer y este termina quedando empalado en una de las rejas de la ciudad.
Nightwing
Nightwing permaneció en la mansión Wayne durante los eventos de Arkham City, resguardándola de la irrupción de cualquier intruso. Durante la activación del Protocolo 10, Hugo Strange envió a muchos guardias TYGER a la propiedad con la misión de matar a los aliados de Batman y descubrir más secretos. Sin embargo, auxiliado por Tim, Dick fue capaz de derrotar a los intrusos antes de la llegada de la policía.
El Sombrerero Loco
Cuando Batman ingresó a Arkham City y rescató Vicky Vale, se pudo ver brevemente al Sombrerero escuchando la conversación entre ambos. Más adelante, el héroe se trasladó hacia una azotea para recoger una cura para su enfermedad, pero al inyectársela se desmayó. A las horas despertó en la guarida del sombrerero, atado a una silla y rodeado por prisioneros con máscaras de conejos. Durante la hora del té, el Sombrerero le colocó una máscara de conejo murciélago, diseñada para controlarlo de una vez por todas. Pero al ver que como el héroe se resistía a su control Jervis envió a sus matones para combatirlo mientras experimentaba diversas alucinaciones provocadas por la máscara. Al final Batman derrotó a todos matones, y liberado de la alucinación una vez más lo derrotó.
De alguna manera Tech sobrevivió al Protocolo 10, y cuando Batman regresó a su guarida lo encontró lamentándose sobre una mesa por la pérdida de su sombrero favorito y preguntándose si Alicia se enojaría con él. Ante eso Batman le advirtió no volver a controlar a nadie con su tecnología. Catwoman también lo visitó esa noche, y él la confundió con Alicia. Allí ella le dijo que la cuidaría con la ayuda del gato de Cheshire.
Sr. Frío
Tras ser envenenado por el Guasón, Batman buscó la ayuda de Victor para elaborar la cura, pero rápidamente descubrió que había sido secuestrado por el Pingüino. Con Cobblepot blandiendo el arma de Frío para protegerse del él, Batman finalmente encontró a Victor encerrado una exhibición que simulaba ser un día soleado en la playa. Gracias a que el héroe le ayudó a recuperar su traje para sobrevivir, Victor le dio los medios para detener su propia arma para así acabar con el Pingüino, del cual él quería vengarse.
Tras la derrota de Cobblepot y su posterior encierro en una exhibición similar en la que Victor había estado, Batman le pidió la cura para la enfermedad pero él le reveló que sus pruebas anteriores habían fallado por no tener un agente sanguíneo regenerativo. Luego de obtener una muestra de sangre de Ra's al Ghul, Batman viajó hasta el edificio abandonado del DPCG en donde Victor había instalado su laboratorio. Cuando la cura finalmente estuvo lista Frío la separó en dos ampollas: una la guardó en su caja de seguridad y la otra la destruyó diciendo que la guardaba para negociar la salvación de Nora. Ambos comenzaron a pelear dentro de ese lugar el cual Victor congelaba cada vez más. Pero tras usar varias técnicas Batman consiguió derrotarlo y alcanzar la caja de seguridad donde se encontraba la ampolla. Para su horror descubrió que Harley Quinn la había robado mientras ellos peleaban.
Batman se dispuso en perseguir a Harley pero, por insistencia de Frío, accedió a buscar a Nora. A cambio él le entregó unas granadas congelantes para su incursión en la acerera Sionis. Posteriormente al encontrar a Nora en un almacén del embarcadero acabar con los hombres del Guasón que la vigilaban, él le informó a Victor sobre su paradero. Más adelante Frío se trasladó al almacén donde le prometió a Batman renuncia a su vida criminal para centrar en la búsqueda de una cura para su esposa.
Dos Caras
Al igual que la mayoría de los otros villanos, Dos Caras fue encerrado en Arkham City y en poco tiempo comienzó a disputarse el control de la mega prisión contra el Pinguino y el Guason.
Él aparece por primera en los juzgados, rodeado por sus matones, a punto de ejecutar a Catwoman, a quien encontró intentando robar algo de su caja fuerte. Pero su juicio es interrumpido por Batman, quien fue a salvar a Selina, pero ella misma logra liberarse y con la ayuda del detective intercambia su lugar (esta colgada boca arriba sobre un tanque con químicos peligros) con Harvey. A modo de venganza, luego de que Batman finalmente derrota al Guasón, él coloca una bomba en el hogar de Selina y se roba el dinero que ella ha ido juntando con los años, con la esperanza de que si ella sobrevive a la explosión vaya a buscarlo, así él podrá tomar venganza de lo sucedió. Escondió en el museo que previamente le perteneció al Pinguino, Catwoman logra burlar a sus hombres y llega hasta la sala de armas, donde logra derrotar a Harvey para recuperar sus pertenencias. Pero guiado por sus obsesión con lo dual, Dos cara solo tiene la mitad del dinero de Selina ya que la otra decidió regalársela a sus hombres.
Clayface
Karlo finalmente interpreta el papel de su vida: suplantar al Guasón. Su trabajo es interpretar a una versión "sana" del payaso para lograr confundir a los internos de la prisión sobre si está sano o enfermo. Él interactúaa en numerosas ocasiones con Batman y logra ocultarle a este, a Hugo Strange y momentáneamente a Harley Quinn lo que estaba sucediendo. Haciendo uso de las habilidades de Karlo, el Guasón logra tomar el control de la fundidora Sionis y obliga al Sr. Frío a que le elabore una cura para su enfermedad tras secuestrarle a su esposa Nora.
Pero cuando la cura es robada por Talia al Ghul, el Guasón pergenia la parte final de su plan, que casualmente involucra su último caso de colaboración con Karlo. Cuando Batman llega al teatro Monarch para salvar a Talia, quien había sido secuestrada por Clayface haciéndose pasar por el Guason, ella le clava la espada de su padre y cree finalmente haber matado al payaso. Pero cuando Batman se da cuenta de que Guasón tuvo todo el tiempo a un impostor trabajando para él, el verdadero Guason aparece y mata a Talia, permitiendole a Karlo finalmente adoptar su verdadera forma para pelear contra el héroe.
Cuando Batman da signos de ir ganando la pelea, el Guasón hace detonar el suelo del teatro y los lanza a ambos hacia una habitación subterránea, donde casualmente hay un Pozo de Lázaro. Batman se las ingenia para detenerlo con las bombas congelantes que le dio Frío y finalmente logra hacer que Karlo muera al caer dentro del pozo, ocasionando que la estructura física, al contacto con las aguas místicas desate una explosión que deje hecho pedazos el lugar.
Jack Ryder
Un año después, él es encerrado junto a Bruce Wayne en Arkham City en calidad de prisioneros políticos. A llegar ambos son atacados por varios internos y Bruce hace un intento por protegerlo, pero ambos caen rápidamente. Mas tarde Batman lo vuelve a salvar de un grupo de hombres que lo estaban atacando por estar tratando de averiguar que planeaba Hugo Strange.
Es visto otra vez cuando Batman estaba a punto de ser asesinado por Deadshot. Ryder también le revela al héroe haber visto al asesino conocido como "El ladrón de identidades" e insiste que luce igual igual a Bruce Wayne, creyendo que ser encerrado dentro de Arkham city hizo enloquecer a Wayne.
James Gordon
Durante el juego se menciona que cuando se planea activar el protocolo 10 del dr. Hugo Strange, Gordon es llamada a una reunión del consejo de la ciudad. Luego de descubrir cuales eran las verdaderas intención de Strange con Arkham City, Gordon monta un operativo para ir a la mega prisión y detener al doctor. Pero al llegar a las puertas de la ciudad esta se abren y del interior sale Batman cargando el cuerpo del Guason en sus brazos, el cual deja encima del coche de Gordon y se marcha, mientras el comisionado trata de interrogarlo sobre que fue lo que sucedió dentro de Arkham City.
Hugo Strange
Tras su regreso a Ciudad Gótica, Hugo Strange fue nombrado por el alcalde Sharp como el administrador y medico en jefe de Arkham City. La construcción de la mega prisión trajo consigo muchas criticas y pedidos de cierre, pero Strange no se inmuto antes esto e hizo encerrar en su prisión a todo aquel que pensara distinto a él o que lo confrontara, tal y como hizo Bruce Wayne al organizar una rueda de prensa en contra de Arkham City que termino en su arresto por parte de las fuerzas de seguridad de Strage: los guardias TYGER.
Tras el arresto de Wayne, Strange lo interroga mientras lo tortura, y durante este procedimiento le revela que él sabe que Bruce Wayne y Batman son la misma persona y le jura revelar esa información al mundo si Wayne no colabora con él y su personal. Con el misterioso protocolo 10 a punto de ser puesto en marcha, él no va a permitir que nada se interponga con su objetivo por lo que introduce a Wayne y a otros presos políticos, entre los que se encuentra Jack Ryder, a las calles de Arkham City con la esperanza de los internos los maten a golpes. Cuando el tiempo pasa, y a medida que Batman va descubriendo cada vez mas sobre las intenciones de Strange con respecto a Arkham City, escucha por comunicación general a Strange dándole la bienvenida a un nuevo interno de la prisión: el alcalde Quincy Sharp. Y para asegurarse de que Sharp se rápidamente eliminado, da su ubicación para que todos los internos comiencen a buscarlo.
Dos horas mas tarde, Strange llama a una reunión de emergencia en el consejo de Ciudad Gótica, entre los que se encuentra el Comisionado Gordon para informarles que la situación dentro de Arkham City se ha salido de control ya que tiene confirmación de los prisioneros de alguna manera han logrado conseguir armas y planean escapar para tomar el control de Gótica, por lo que les pide activar el protocolo 10, el cual supone la completa destrucción de Arkham City y todos sus internos. El consejo aprueba su propuesta y él envía a varias docenas de helicópteros piloteados por guardias TYGER a que comiencen el bombardeo por la ciudad, matando a cientos de internos en poco minutos. En esos momentos Batman estaba en busqueda de Talia quien se habia marchado con el Guason, pero ante las insistencias de Alfred y Oráculo, decide ir primero tras por Strange para detener su melovolo plan.
Batman se dirige a la base de operaciones de Strange ubicada en lo alto de la torre maravilla, y en el ínterin descubre que el villano estaba trabajando bajo las ordenes de un misterioso benefactor que ordeno la construcción de Arkham City como experimento para así en futuro construir modelos similares en Keystone City y Metrópolis. Finalmente tras reducir a todos los guardias armado de Strange, Batman finalmente lo confronta cara a cara, pero el villano no se muestra arrepentido de sus actos ya que ha encontrado una manera de derrotar al crimen, pero inesperadamente es atravesado por la espada de su benefactor: Ra's al Ghul, quien siente que Strange le ha fallado en su plan para convertirlo en su sucesor.
A punto de morir, Strange activa el protocolo 11 y hace que la torre Maravilla ezplote completamente tras una rápida huida de Batman y Ra's, destruyendo en el acto los restos de Strange.
Victor Zsasz
Zsasz es el villano principal de la misión secundaria "El Asesino del Teléfono". Él había secuestrado a dos presos políticos con la promesa de asesinarlos si no atendía a tiempo un teléfono publico que sonaría al azar en cualquier parte de Arkham City. Cada vez que Batman lo lograba él le contaba pedazos de su historia y de como perdió la cordura, mientras que el héroe rastreaba de a poco la señal del villano, hasta que logra dar con su paradero en un edificio abandonado en el distrito industrial. Una vez que Batman logra detenerlo, lo encierra en una jaula para que ya no puede seguir hiriendo a mas personas.
El Hombre Calendario
Al igual que el resto de los ex internos del Asilo, Julian Day fue encerrado en Arkham City. Buscando refugio él tomo para si los tibunales de la ciudad, en donde secuestraba a distintos presos politicos y los mataba cada vez que tocaba una fecha especial. Pero sin embargo con el tiempo su refugio fue invadido por Dos Caras y sus matones, quienes encerraron a Julian en los calabozos internos, lugar donde Batman lo encuentra cuando va hacia allí en busca de información. Julian solo se dedica recitar un poema, dándole la bienvenida al héroe cada vez que lo visita, recordando viejos momentos vividos juntos. Una vez que el dominio de Dos Caras sobre los tribunales es disuelto, Julian escapa rompiendo el cuello a uno de los últimos matones que permanecen en el lugar.
Quincy Sharp
Sharp tomó el crédito por haber logrado detener con su ingenio los planes del Guasón en Arkham por lo que se ganó el clamor popular y ganó las elecciones para alcalde de la ciudad. Su primera medida como alcalde fue lograr que el congreso aprobara convertir una gran parte de Ciudad Gótica en una mega prisión para internos tanto de Arkham como de Blackgate que sería conocida como Arkham City. Los prisioneros podrían vagar libres por aquel lugar pero cualquier intento de fuga no sería tolerado. Para asegurar el orden, Sharp conformó las fuerzas de seguridad TYGER, un grupo de ex mercenarios encargados de mantener el control dentro de Arkham City. Pero al poner juntos en un mismo lugar a varios súper villanos, la guerra por el control de la prisión no tardó en estallar, algo que esperaba Sharp para así lograr "depurar" un poco las calles de Gótica de villanos.
Sin embargo él fue traicionado por Hugo Strange, quien era la voz de su voluntad dentro de Arkham City, y lo encerró en su propia prisión. Sabiendo que habría varios internos que estaban esperando la llegada del alcalde, Batman fue directamente hacia su encuentro para salvarlo e interrogarlo para saber quién era la verdadera mente detrás de la construcción de Arkham City, pero esa era una información que ni el alcalde poseía. Tras ser abandonado en la azotea de un edificio Sharp se las ingenió para llegar hasta la catedral, donde Vicky Vale y el resto de médicos salvados de las garras del Acertijo se encontraban. La periodista aprovechó esa oportunidad y comienzó a interrogarlo sobre todo detrás de la construcción de la prisión y él le respondió todo solo para ser dejado tranquilo.
Tiempo después de los eventos en Batman: Arkham City, Sharp fue encarcelado debido a su participación en la creación de la Mega Prisión; además se descubre que Hugo Strange tenía control sobre su mente y que durante su estadía como Alcaide en el Manicomio Arkham torturó e incluso asesinó a muchos pacientes. Las cosas no mejorarían para el antiguo Alcalde cuando Vicky Vale publicó una revista difamatoria en su contra, revelando todo lo que el había hecho y haciéndolo publico. Quincy Sharp optó por suicidarse en su celda, demostrando que no era más que un hombre cobarde con hambre de poder.
El Ladrón de Identidades (Hush)
Hush es el villano principal de la misión secundaria "Asesino de Identidades".
Después de que Batman rescata a todos los médicos en la catedral de la ciudad, el héroe se encuentra con Thomas Elliot recostado en una camilla con el rostro cubierto de vendas y sosteniendo una caja. Otro médico le informa a Batman que el paciente era un médico y cirujano transferido recientemente a Arkham City pero que varias semanas después empezó a robar varios medicamentos y a cortarse su propio rostro. Fue encontrado por un medico mientras se reía en una esquina sosteniendo esa misma caja, haciendo que los demás creyeran que había perdido la cordura debido a la naturaleza infernal de Arkham City.
Tras encontrar un cadáver al cual le habían arrancado el rostro, Batman comenzó a recolectar información sobre el autor de los hechos, pero todos los testigos con los que hablaba señalaban que el asesinato había sido cometido por una persona similar a Bruce Wayne. A medida que iba encontrando mas cuerpo con sus rostros robados la hipótesis de que Bruce Wayne lo había hecho iba creciendo, aunque Batman sabia que eso era imposible, pero las pruebas en las escenas era cada vez mas sustanciales, llegando a hacer dudar incluso a Oráculo. Pero tras seguir el rastro de un prisionero del lugar, Batman llega hasta una casa que parece haber sido refaccionada para cometer horrible vejaciones con los seres humanos en su interior. Para desgracia, por un descuido queda atrapado tras caer un verja que lo separa de la puerta de salida.
Inmediatamente el Dr. Thomas Elliot, alias Hush, se hace presente y le revela al héroe el fruto de su trabajo de semana. Con cada rostro que robó Hush fue armando una especie de rompecabezas hasta finalmente lograr su objetivo: parecerse a Bruce Wayne. Sabiendo que no puede combatir contra el héroe por miedo a que las costuras de rostro se abran, Hush se despide y le indica que ambos se volverán a encontrar en un futuro no muy lejano.
Scarface
Scarface tiene una breve aparición en el juego como uno de los trofeos que el Pingüino tiene encerrado en su museo a modo de exhibición.
Solomon Grundy
Grundy había sido apresado bajo las instalaciones del Club Iceberg por ordenes del Pinguino. Cobblepot decidió despertarlo y usarlo como plan de respaldo para luchar contra Batman cuando este se infiltro en su museo para liberar al Sr. Frío.
Usando unos grandes generadores de energía eléctrica, Cobblepot lo obligó a pelear contra Batman a medida de que su cuerpo desnaturalizado se iba consumiendo por el calor que desprendía producto de la electricidad que recorría su cuerpo. Finalmente Batman se la ingenia para romper la caja torácica del Zombi y destruye su corazón.
Alfred Pennyworth
Junto con Oráculo, Alfred es el principal contacto comunicacional de Batman. Ademas de proveerlo de información, también le envía todo tipo de Gadgets que el héroe solicita. Fue Alfred quien logro persuadir a Bruce de ir a detener a Hugo Strange y su protocolo 10 antes de intentar salvar a Talia al Ghul. En medio de la activación del protocolo 10, Strange envió a varios de sus guardias TYGER hacia la mansión Wayne para acabar con todos los seres querido de Bruce, pero Alfred fue salvado a la oportuna aparición de Nightwing y Robin.
Sr. Martillo
El Sr. Martillo es el hermano siamés de Hoz, los cuales fueron separados por Hush. Él comenzó a trabajar para el Guasón como su nuevo matón a diferencia de su hermano, que encontró trabajo en la filas de Oswald Cobblepot.
Cuando Batman visitó la fundidora Sionis en busca del payaso, descubrió que su oficina se encontraba por encima del suelo a unos siete metros. Usando su Bat-Garra para llegar hasta ese lugar fue inmediatamente sorprendido por el Sr. Martillo, quien había sido enviado por Harley Quinn para evitar que el murciélago molestase a su amado. El Sr. Martillo devolvió a Batman al suelo y junto con otros matones le dieron pelea al héroe, pero a pesar de su tamaño no logró detenerlo y cayó juntos con sus compañeros.
Más tarde vuelve a aparecer cuando Batman revisita la Fundidora, donde nuevamente recibe las órdenes del Guasón de acabar con el héroe pero, a pesar de contar con la ayuda de varios matones, un mutante transformado por el TITAN, y por el mismísimo payaso, vuelve a ser derrotado. Tras la muerte del Guasón, se lo puede encontrar atado a un silla junto a su hermano en la Fundidora, haciendo planes para volver a reunirse para trabajar juntos.
Vicky Vale
Vicki aparece cubriendo una rueda de prensa organizada por Bruce Wayne en la entrada de Arkham City. Pero de repente aparecen los guardias TYGER y ella es testigo de cómo Wayne es llevado a rastras contra su voluntad a la prisión.
Más tarde, ella entra en la mega prisión montada en un helicóptero de su canal para cubrir la información de que Batman esta en Arkham city, pero desgraciadamente ella y su piloto se convierten en víctimas de un ataque del Guasón para generar una distracción lo suficientemente grande como para apartar a Batman.
Atrapada entre los escombros de su nave y a la merced de un grupo de francotiradores, ella debe mantener resguardo hasta que Batman logra acabar con los hombres y finalmente salvarla. Él le advierte que debe buscar algún lugar donde esconderse y mantenerse alejada de la atención del Guasón, pero el payaso se comunica con Batman para decirle que sólo derribó el helicóptero para distraerlo y así darle a Harley el tiempo suficiente de llegar hasta él con la cura. Cerca del final del juego se la puede volver a ver en la catedral de la ciudad interrogando al Alcalde Sharp sobre los hecho que desencadenaron su cautiverio en su propia prisión.
Deadshot
Él fue el villano principal de la mision secundaria "Un disparo en la Oscuridad". Deadshot fue contratado por Hugo Strange para asesinar a una serie de presos políticos, por lo que ingresó a Arkham City la misma noche que Bruce Wayne. Más tarde, en medio de su recorrido por la prisión, Batman escuchó el sonido de un disparo y fue en búsqueda de su procedencia y al analizar la escena descubrió que Deadshot estaba también allí.
Luego de encontrarse con unos cuantos asesinatos más que llevaban su firma, Batman comenzó a rastrear la ubicación del posible lugar donde el villano guardaba sus objetos. Al encontrarlo, Batman también da con un PAD que le muestra la lista de objetivos de Deadshot, siendo Jack Ryder el siguiente, seguido de Bruce Wayne y luego Batman. El Detective rápidamente rastrea a Ryder y logra salvarlo antes que el villano pueda cumplir con su trabajo. Ante su inminente captura, Deadshot se enfrenta al héroe, pero Batman usa sus habilidades en sigilo para acercarse sin que se de cuenta y lo noquea en el acto. A falta de lugares donde poder encarcelarlo, Batman lo encierra en un vagón del viejo monoraíl, suspendido en el aire. Al dejarlo, le envía un mensaje al Comisario Gordon para que más tarde pasen por allí para llevárselo a otro lado.
Hoz
Tras ser separado de su hermano siamés, Hoz se convirtió en uno de los hombres mas importantes dentro de la organización criminal del Pingüino. Él apareció por primera vez junto a su patrón en la arena de gladiadores construida dentro del museo, cuando Batman se infiltró allí para salvar a Mr Freeze.
Luego de que el héroe lograra derrotar a la mayoría de sus oponente, llegó hasta una habitación usada por Cobblepot para planificar su guerra contra Dos Caras y el Joker, donde casualmente también estaba encerrado Frío. Pero al intentar atravesar un muro débil, Batman fue emboscado por Hoz, quien con otros matones tratan nuevamente de detenerlo, fallando al igual que la última ocasión. Él es visto por última vez atado junto a su hermano en la Fundidora Sionis hablando de los bueno tiempo cuando entre ambos conformaban a una sola persona.
Aaron Cash
Harley Quinn y algunos de los matones del Guasón irrumpieron en la iglesia y se llevaron a la Dra. Stacy Baker hacia la fundidora Sionis mientras el resto del equipo médico fue tomado como rehenes. Batman llegó al lugar y rápidamente derribo a los matones dejados allí para salvar a los cautivos. Tras eso Cash, además de informarle sobre el secuestro de la Dra. Baker, le contó a Batman que Harley Quinn habia llevado algo hacia el campanario de la iglesia. Batman le prometió rescatar a la doctora con vida, pero antes fue hasta el campanario para averiguar los planes de la lunática.
Más adelante Cash y el equipo médico fueron secuestrado por el Acertijo. Luego de salvar a seis de los rehenes del villano, Batman consiguió descubrir el escondite donde el Acertijo tenia cautivos a Cash y los doctores, a los cuales obligaba a caminar en círculos con explosivos adheridos a ellos. Eventualmente el héroe derribo al maniaco y salvo a Cash, quien para vengarse de los sucedido coloco al Acertijo a caminar atado a una bomba (la cual para desconocimiento del villano se encontraba desactivada). Cuando Cash decidió finalmente dejar de castigar al Acertijo, él y el resto del equipo médico lo llevaron arrestado hacia la iglesia.
Después de eso un gran número de reclusos atacó la iglesia para vengarse de Quincy Sharp. Debido a eso Azrael se presentó para ayudarlos. Al verlo Cash le contó a Vicki Vale como fue que conoció a ese personaje en el pasado. Eventualmente los reclusos consiguieron romper las puertas de la iglesia con la ayuda de Bane, quien estaba convencido de que allí dentro habia escondido un contenedor de TITAN. Los guardias trataron de luchar contra Bane, pero se les hizo imposible. Azrael acabó con algunos de los reclusos antes de cruzarse con Bane, quien termino arrojándolo dentro de la iglesia. Cash saltó en defensa de Azrael y consiguió herir a Bane en el rostro. Bane, con ira, casi mató a Cash pero Azrael le saltó encima y consiguió derrotar a Bane cortando su tanque de Venom. Ante eso Azrael llamó a Cash 'novato', un sobrenombre que su compañero solía usar con él. Tras derrotar y capturar a Bane, Azrael y el resto del personal médico comenzaron a luchar contra los reclusos restantes hasta hacerlos huir. Posteriormente Azrael se marchó con Vicki Vale tras decirle a Cash tenía algunas amistades interesantes.
Tiny
No se sabe de dónde vino Tiny pero nada alrededor de la cámara de tortura en el interior del Instituto de Historia Natural de Cyrus Pinkney, que se ha convertido en la base del Pingüino. Tiny se alimenta de cualquier cosa que entra en sus aguas. Cuando Batman estaba a la caza de Mr. Freeze dentro del museo, el Pingüino dejó tres policías encubiertos en la cámara de tortura para congerlarlos hasta su muerte y ser comidos por Tiny.
Batman salvó a los policías encubiertos, se dirigió a enfrentarse a El Pingüino y usó un disruptor que desactivó el cañón de congelación que este había tomado de Mr. Freeze. De camino a la sala de Iceberg, Tiny atacó al Caballero Oscuro por acercarse demasiado, pero Batman logró vencer al tiburón.
Se desconoce lo que ocurrió con Tiny tras la caída de Arkham City.
Nora Fries
Trabajando en una cura para el payaso, Victor fue secuestrado por los hombres del Pingüino y llevado al museo. Eventualmente cuando Batman lo rescató él regresó al edificio abandonado del DPCG para terminar la cura que el Guasón y Batman necesitaban. Sin embargo cuando Batman rechazó buscarla hasta no tener la cura ambos comenzaron a pelear, e inevitablemente perdieron los dos dado que Harley Quinn logró colarse en el edificio para robar la cura.
De camino a la Acerera Sionis para recuperar lo robado Batman descubrió que Nora había sido llevada hasta un almacén en el embarcadero Falcone del Distrito Industrial. Tras encontrarla y derrotar a los hombres que la custodiaban, el Caballero Oscuro le informó a Victor sobre su paradero. Más adelante su marido llegó ante ella para abrazar su tanque y revalidar su promesa de que haría todo lo posible para encontrarle una cura.
Thomas y Martha Wayne
Cuando Batman comenzó a sucumbir por la enfermedad en la sangre infectada del Guasón , él vio a Thomas y Martha aparecerse delante él en un túnel de luz, llamándolo para que dejara y lucha y se encaminara hacia la luz, pero ellos desaparecieron cuando Batman retomó el control de sus sentido. También en Arkham City se encuentra el teatro Monarch, detrás del cual está el callejón en que ambos fueron asesinados. Allí mismo se puede encontrar unas líneas marcando la escena del crimen, y una flor. El juego le da la opción al jugador de presentar sus respetos a la pareja. Además de la flor también se puede encontrar una cinta de Hugo Strange, atormentando a Batman con la memoria de sus muertes.
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